През годините е заемал различни позиции в системата на железниците. В периода 2007 – 2021 г. е директор на поделение „Електроразпределение“ към НК „Железопътна инфраструктура” и управител на „Трен“ ООД – дъщерно дружество на НКЖИ.
Стоян Стоянов има магистърска степен по „Финанси“ от Университета за национално и световно стопанство.
Притежава и магистратура по „Съобщителна и осигурителна техника и системи“ от ВВТУ „Тодор Каблешков“.
На 2 август служебният министър на транспорта и съобщенията Георги Гвоздейков поиска оставките на генералния директор и на председателя на Управителния съвет на НКЖИ заради инциденти по жп мрежата.